genometools: use signed char for %fj (#18126)
* genometools: use signed char for %fj * genometools: update patch to use int * use int
This commit is contained in:
ketsubouchi
GitHub
parent
7dd58c7ed0
commit
abffcefadd
2 changed files with 233 additions and 0 deletions
|
|
@ -23,6 +23,8 @@ class Genometools(MakefilePackage):
|
||||||
# build fails with gcc 7"
|
# build fails with gcc 7"
|
||||||
conflicts('%gcc@7.1.0:', when='@:1.5.9')
|
conflicts('%gcc@7.1.0:', when='@:1.5.9')
|
||||||
|
|
||||||
|
patch('signed.patch', when='%fj')
|
||||||
|
|
||||||
def install(self, spec, prefix):
|
def install(self, spec, prefix):
|
||||||
make('install', 'prefix=%s' % prefix)
|
make('install', 'prefix=%s' % prefix)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
231
var/spack/repos/builtin/packages/genometools/signed.patch
Normal file
231
var/spack/repos/builtin/packages/genometools/signed.patch
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,231 @@
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/core/io.c b/src/core/io.c
|
||||||
|
--- a/src/core/io.c 2020-08-17 15:23:43.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/core/io.c 2020-08-24 11:45:55.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -87,21 +87,29 @@
|
||||||
|
return rval ? false : true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
-signed char gt_io_peek(GtIO *io)
|
||||||
|
+int gt_io_peek(GtIO *io)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char c;
|
||||||
|
gt_assert(io);
|
||||||
|
- gt_io_get_char(io, &c);
|
||||||
|
+ int e = gt_io_get_char(io, &c);
|
||||||
|
gt_io_unget_char(io, c);
|
||||||
|
- return c;
|
||||||
|
+ if (e == -1) {
|
||||||
|
+ return EOF;
|
||||||
|
+ } else{
|
||||||
|
+ return c;
|
||||||
|
+ }
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
-signed char gt_io_next(GtIO *io)
|
||||||
|
+int gt_io_next(GtIO *io)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char c;
|
||||||
|
gt_assert(io);
|
||||||
|
- gt_io_get_char(io, &c);
|
||||||
|
- return c;
|
||||||
|
+ int e = gt_io_get_char(io, &c);
|
||||||
|
+ if (e == -1) {
|
||||||
|
+ return EOF;
|
||||||
|
+ } else{
|
||||||
|
+ return c;
|
||||||
|
+ }
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
GtUword gt_io_get_line_number(const GtIO *io)
|
||||||
|
@@ -122,9 +130,9 @@
|
||||||
|
return io->path;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
-int gt_io_expect(GtIO *io, char expected_char, GtError *err)
|
||||||
|
+int gt_io_expect(GtIO *io, int expected_char, GtError *err)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- char cc;
|
||||||
|
+ int cc;
|
||||||
|
gt_error_check(err);
|
||||||
|
cc = gt_io_next(io);
|
||||||
|
if (cc != expected_char) {
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/core/io.h b/src/core/io.h
|
||||||
|
--- a/src/core/io.h 2020-08-17 15:23:43.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/core/io.h 2020-08-24 11:46:21.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -37,12 +37,12 @@
|
||||||
|
void gt_io_unget_char(GtIO*, char);
|
||||||
|
bool gt_io_line_start(const GtIO*);
|
||||||
|
bool gt_io_has_char(GtIO*);
|
||||||
|
-signed char gt_io_peek(GtIO*);
|
||||||
|
-signed char gt_io_next(GtIO*);
|
||||||
|
+int gt_io_peek(GtIO*);
|
||||||
|
+int gt_io_next(GtIO*);
|
||||||
|
GtUword gt_io_get_line_number(const GtIO*);
|
||||||
|
const char* gt_io_get_filename(const GtIO*);
|
||||||
|
GtStr* gt_io_get_filename_str(const GtIO*);
|
||||||
|
|
||||||
|
-int gt_io_expect(GtIO*, char expected_char, GtError*);
|
||||||
|
+int gt_io_expect(GtIO*, int expected_char, GtError*);
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/core/seq_iterator_fastq.c b/src/core/seq_iterator_fastq.c
|
||||||
|
--- a/src/core/seq_iterator_fastq.c 2020-08-17 15:57:33.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/core/seq_iterator_fastq.c 2020-08-20 17:28:23.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -92,10 +92,10 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
static inline int parse_fastq_seqname(GtSeqIteratorFastQ *seqit,
|
||||||
|
GtStr *buffer,
|
||||||
|
- char startchar,
|
||||||
|
+ int startchar,
|
||||||
|
GtError *err)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- char currentchar;
|
||||||
|
+ int currentchar;
|
||||||
|
bool firstsymbol = true;
|
||||||
|
gt_error_check(err);
|
||||||
|
gt_assert(seqit && buffer);
|
||||||
|
@@ -127,7 +127,7 @@
|
||||||
|
GtError *err)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int had_err = 0;
|
||||||
|
- char currentchar;
|
||||||
|
+ int currentchar;
|
||||||
|
GtStr *tmp_str = gt_str_new();
|
||||||
|
|
||||||
|
gt_error_check(err);
|
||||||
|
@@ -207,7 +207,7 @@
|
||||||
|
static inline int parse_fastq_qualities(GtSeqIteratorFastQ *seqit,
|
||||||
|
GT_UNUSED GtError *err)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- char currentchar;
|
||||||
|
+ int currentchar;
|
||||||
|
GtUword i = 0;
|
||||||
|
gt_assert(gt_str_length(seqit->sequencebuffer) > 0);
|
||||||
|
if ((currentchar = fastq_buf_getchar(seqit)) == EOF)
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/extended/bed_parser.c b/src/extended/bed_parser.c
|
||||||
|
--- a/src/extended/bed_parser.c 2020-08-17 16:16:25.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/extended/bed_parser.c 2020-08-24 11:47:38.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -84,7 +84,7 @@
|
||||||
|
gt_error_check(err);
|
||||||
|
had_err = gt_io_expect(bed_file, BLANK_CHAR, err);
|
||||||
|
while (!had_err) {
|
||||||
|
- char cc = gt_io_peek(bed_file);
|
||||||
|
+ int cc = gt_io_peek(bed_file);
|
||||||
|
if (cc == GT_CARRIAGE_RETURN) {
|
||||||
|
gt_io_next(bed_file);
|
||||||
|
if (gt_io_peek(bed_file) == GT_END_OF_LINE)
|
||||||
|
@@ -189,7 +189,7 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
static bool bed_separator(GtIO *bed_file)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- char cc = gt_io_peek(bed_file);
|
||||||
|
+ int cc = gt_io_peek(bed_file);
|
||||||
|
if (cc == BLANK_CHAR || cc == TABULATOR_CHAR)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
@@ -212,7 +212,7 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
static int track_rest(GtBEDParser *bed_parser, GtIO *bed_file, GtError *err)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- char cc;
|
||||||
|
+ int cc;
|
||||||
|
int had_err = 0;
|
||||||
|
gt_error_check(err);
|
||||||
|
bed_parser->offset = 0; /* reset offset for new track line */
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/extended/match_iterator_blast.c b/src/extended/match_iterator_blast.c
|
||||||
|
--- a/src/extended/match_iterator_blast.c 2020-08-17 16:28:49.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/extended/match_iterator_blast.c 2020-08-20 17:46:58.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -104,12 +104,15 @@
|
||||||
|
had_err = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
+ int intbuf;
|
||||||
|
while (true) {
|
||||||
|
- while ((buffer[i] = gt_file_xfgetc(mib->pvt->gtmatchfilep)) != '\n') {
|
||||||
|
- if (buffer[i] == EOF)
|
||||||
|
+ while ((intbuf = gt_file_xfgetc(mib->pvt->gtmatchfilep)) != '\n') {
|
||||||
|
+ if (intbuf == EOF)
|
||||||
|
return GT_MATCHER_STATUS_END;
|
||||||
|
+ buffer[i] = intbuf;
|
||||||
|
i++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
+ buffer[i] = '\n';
|
||||||
|
buffer[i+1] = '\0';
|
||||||
|
if (buffer[0] == '#') {
|
||||||
|
mib->pvt->curpos++;
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/extended/match_iterator_open.c b/src/extended/match_iterator_open.c
|
||||||
|
--- a/src/extended/match_iterator_open.c 2020-08-17 16:28:49.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/extended/match_iterator_open.c 2020-08-20 17:46:40.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -95,12 +95,15 @@
|
||||||
|
had_err = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
+ int intbuf;
|
||||||
|
while (true) {
|
||||||
|
- while ((buffer[i] = gt_file_xfgetc(mpi->pvt->gtmatchfilep)) != '\n') {
|
||||||
|
- if (buffer[i] == EOF)
|
||||||
|
+ while ((intbuf = gt_file_xfgetc(mpi->pvt->gtmatchfilep)) != '\n') {
|
||||||
|
+ if (intbuf == EOF)
|
||||||
|
return GT_MATCHER_STATUS_END;
|
||||||
|
+ buffer[i] = intbuf;
|
||||||
|
i++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
+ buffer[i] = '\n';
|
||||||
|
buffer[i+1] = '\0';
|
||||||
|
if (buffer[0] == '#') {
|
||||||
|
mpi->pvt->curpos++;
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/extended/obo_parse_tree.c b/src/extended/obo_parse_tree.c
|
||||||
|
--- a/src/extended/obo_parse_tree.c 2020-08-17 17:06:46.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/extended/obo_parse_tree.c 2020-08-24 11:48:09.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -181,7 +181,7 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
static bool ignored_char(GtIO *obo_file)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- char cc = gt_io_peek(obo_file);
|
||||||
|
+ int cc = gt_io_peek(obo_file);
|
||||||
|
if ((cc == OBO_BLANK_CHAR) || (cc == OBO_COMMENT_CHAR) ||
|
||||||
|
(cc == GT_CARRIAGE_RETURN) || (cc == GT_END_OF_LINE))
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
@@ -218,7 +218,7 @@
|
||||||
|
gt_error_check(err);
|
||||||
|
had_err = gt_io_expect(obo_file, OBO_BLANK_CHAR, err);
|
||||||
|
while (!had_err) {
|
||||||
|
- char cc = gt_io_peek(obo_file);
|
||||||
|
+ int cc = gt_io_peek(obo_file);
|
||||||
|
if (cc == OBO_COMMENT_CHAR)
|
||||||
|
return comment_line(obo_file, err);
|
||||||
|
else if (cc == GT_CARRIAGE_RETURN) {
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/extended/xrf_abbr_parse_tree.c b/src/extended/xrf_abbr_parse_tree.c
|
||||||
|
--- a/src/extended/xrf_abbr_parse_tree.c 2020-08-17 17:17:38.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/extended/xrf_abbr_parse_tree.c 2020-08-24 11:48:48.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -163,7 +163,7 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
static bool gt_xrf_abbr_parse_tree_ignored_char(GtIO *xrf_abbr_file)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- char cc = gt_io_peek(xrf_abbr_file);
|
||||||
|
+ int cc = gt_io_peek(xrf_abbr_file);
|
||||||
|
if ((cc == XRF_BLANK_CHAR) || (cc == XRF_COMMENT_CHAR) ||
|
||||||
|
(cc == GT_CARRIAGE_RETURN) || (cc == GT_END_OF_LINE))
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
@@ -203,7 +203,7 @@
|
||||||
|
gt_log_log("blank");
|
||||||
|
had_err = gt_io_expect(xrf_abbr_file, XRF_BLANK_CHAR, err);
|
||||||
|
while (!had_err) {
|
||||||
|
- char cc = gt_io_peek(xrf_abbr_file);
|
||||||
|
+ int cc = gt_io_peek(xrf_abbr_file);
|
||||||
|
if (cc == XRF_COMMENT_CHAR)
|
||||||
|
return gt_xrf_abbr_parse_tree_comment_line(xrf_abbr_file, err);
|
||||||
|
else if (cc == GT_CARRIAGE_RETURN) {
|
||||||
|
diff -u -r -N a/src/ltr/pdom_model_set.c b/src/ltr/pdom_model_set.c
|
||||||
|
--- a/src/ltr/pdom_model_set.c 2020-08-17 17:31:47.000000000 +0900
|
||||||
|
+++ b/src/ltr/pdom_model_set.c 2020-08-20 17:28:23.000000000 +0900
|
||||||
|
@@ -65,7 +65,8 @@
|
||||||
|
{
|
||||||
|
GtStr *concat_dbnames, *cmdline, *indexfilename = NULL;
|
||||||
|
GtUword i;
|
||||||
|
- char *md5_hash, ch;
|
||||||
|
+ char *md5_hash;
|
||||||
|
+ int ch;
|
||||||
|
const char *tmpdir;
|
||||||
|
int had_err = 0, rval;
|
||||||
|
FILE *dest;
|
||||||
Loading…
Reference in a new issue