Improved parallel comms by using MPI allreduce directly on primitive types
This commit is contained in:
parent
327be98074
commit
b7b1edcf95
7 changed files with 591 additions and 397 deletions
|
@ -141,6 +141,7 @@ $(StringStreams)/StringStreamsPrint.C
|
||||||
|
|
||||||
Pstreams = $(Streams)/Pstreams
|
Pstreams = $(Streams)/Pstreams
|
||||||
$(Pstreams)/Pstream.C
|
$(Pstreams)/Pstream.C
|
||||||
|
$(Pstreams)/PstreamReduceOps.C
|
||||||
$(Pstreams)/PstreamCommsStruct.C
|
$(Pstreams)/PstreamCommsStruct.C
|
||||||
$(Pstreams)/PstreamGlobals.C
|
$(Pstreams)/PstreamGlobals.C
|
||||||
$(Pstreams)/IPstream.C
|
$(Pstreams)/IPstream.C
|
||||||
|
|
|
@ -32,21 +32,11 @@ License
|
||||||
#include "OSspecific.H"
|
#include "OSspecific.H"
|
||||||
#include "PstreamGlobals.H"
|
#include "PstreamGlobals.H"
|
||||||
#include "SubList.H"
|
#include "SubList.H"
|
||||||
#include "allReduce.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
#include <cstring>
|
#include <cstring>
|
||||||
#include <cstdlib>
|
#include <cstdlib>
|
||||||
#include <csignal>
|
#include <csignal>
|
||||||
|
|
||||||
#if defined(WM_SP)
|
|
||||||
# define MPI_SCALAR MPI_FLOAT
|
|
||||||
#elif defined(WM_DP)
|
|
||||||
# define MPI_SCALAR MPI_DOUBLE
|
|
||||||
#elif defined(WM_LDP)
|
|
||||||
# define MPI_SCALAR MPI_LONG_DOUBLE
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * Static Data Members * * * * * * * * * * * * * //
|
// * * * * * * * * * * * * * * Static Data Members * * * * * * * * * * * * * //
|
||||||
|
|
||||||
defineTypeNameAndDebug(Foam::Pstream, 0);
|
defineTypeNameAndDebug(Foam::Pstream, 0);
|
||||||
|
@ -548,8 +538,6 @@ Foam::label Foam::Pstream::procNo
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -680,230 +668,6 @@ void Foam::Pstream::abort()
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::reduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
bool& Value,
|
|
||||||
const andOp<bool>& bop,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
|
||||||
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
error::printStack(Pout);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Note: C++ bool is a type separate from C and cannot be cast
|
|
||||||
// For safety and compatibility with compilers, convert bool to int
|
|
||||||
// to comply with MPI types. HJ, 23/Sep/2016
|
|
||||||
|
|
||||||
int intBool = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Value)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
intBool = 1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
allReduce(intBool, 1, MPI_INT, MPI_LAND, bop, tag, comm);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (intBool > 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Value = true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Value = false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::reduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
bool& Value,
|
|
||||||
const orOp<bool>& bop,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
|
||||||
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
error::printStack(Pout);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Note: C++ bool is a type separate from C and cannot be cast
|
|
||||||
// For safety and compatibility with compilers, convert bool to int
|
|
||||||
// to comply with MPI types. HJ, 23/Sep/2016
|
|
||||||
|
|
||||||
int intBool = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Value)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
intBool = 1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
allReduce(intBool, 1, MPI_INT, MPI_LOR, bop, tag, comm);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (intBool > 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Value = true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Value = false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::reduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
scalar& Value,
|
|
||||||
const minOp<scalar>& bop,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
|
||||||
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
error::printStack(Pout);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
allReduce(Value, 1, MPI_SCALAR, MPI_MIN, bop, tag, comm);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::reduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
scalar& Value,
|
|
||||||
const maxOp<scalar>& bop,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
|
||||||
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
error::printStack(Pout);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
allReduce(Value, 1, MPI_SCALAR, MPI_MAX, bop, tag, comm);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::reduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
scalar& Value,
|
|
||||||
const sumOp<scalar>& bop,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
|
||||||
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
error::printStack(Pout);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
allReduce(Value, 1, MPI_SCALAR, MPI_SUM, bop, tag, comm);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::reduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
vector2D& Value,
|
|
||||||
const sumOp<vector2D>& bop,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
|
||||||
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
error::printStack(Pout);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
allReduce(Value, 2, MPI_SCALAR, MPI_SUM, bop, tag, comm);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::sumReduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
scalar& Value,
|
|
||||||
label& Count,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
|
||||||
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
error::printStack(Pout);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
vector2D twoScalars(Value, scalar(Count));
|
|
||||||
reduce(twoScalars, sumOp<vector2D>(), tag, comm);
|
|
||||||
|
|
||||||
Value = twoScalars.x();
|
|
||||||
Count = twoScalars.y();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::reduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
scalar& Value,
|
|
||||||
const sumOp<scalar>& bop,
|
|
||||||
const int tag,
|
|
||||||
const label comm,
|
|
||||||
label& requestID
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
#ifdef MPIX_COMM_TYPE_SHARED
|
|
||||||
// Assume mpich2 with non-blocking collectives extensions. Once mpi3
|
|
||||||
// is available this will change.
|
|
||||||
MPI_Request request;
|
|
||||||
scalar v = Value;
|
|
||||||
MPIX_Ireduce
|
|
||||||
(
|
|
||||||
&v,
|
|
||||||
&Value,
|
|
||||||
1,
|
|
||||||
MPI_SCALAR,
|
|
||||||
MPI_SUM,
|
|
||||||
0, // root
|
|
||||||
PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm],
|
|
||||||
&request
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
requestID = PstreamGlobals::outstandingRequests_.size();
|
|
||||||
PstreamGlobals::outstandingRequests_.append(request);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (debug)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Pout<< "Pstream::allocateRequest for non-blocking reduce"
|
|
||||||
<< " : request:" << requestID
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
#else
|
|
||||||
// Non-blocking not yet implemented in mpi
|
|
||||||
reduce(Value, bop, tag, comm);
|
|
||||||
|
|
||||||
requestID = -1;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::label Foam::Pstream::nRequests()
|
Foam::label Foam::Pstream::nRequests()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
return PstreamGlobals::outstandingRequests_.size();
|
return PstreamGlobals::outstandingRequests_.size();
|
||||||
|
|
357
src/foam/db/IOstreams/Pstreams/PstreamReduceOps.C
Normal file
357
src/foam/db/IOstreams/Pstreams/PstreamReduceOps.C
Normal file
|
@ -0,0 +1,357 @@
|
||||||
|
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
||||||
|
========= |
|
||||||
|
\\ / F ield | foam-extend: Open Source CFD
|
||||||
|
\\ / O peration | Version: 4.0
|
||||||
|
\\ / A nd | Web: http://www.foam-extend.org
|
||||||
|
\\/ M anipulation | For copyright notice see file Copyright
|
||||||
|
-------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
License
|
||||||
|
This file is part of foam-extend.
|
||||||
|
|
||||||
|
foam-extend is free software: you can redistribute it and/or modify it
|
||||||
|
under the terms of the GNU General Public License as published by the
|
||||||
|
Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your
|
||||||
|
option) any later version.
|
||||||
|
|
||||||
|
foam-extend is distributed in the hope that it will be useful, but
|
||||||
|
WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
|
||||||
|
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
|
||||||
|
General Public License for more details.
|
||||||
|
|
||||||
|
You should have received a copy of the GNU General Public License
|
||||||
|
along with foam-extend. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
|
||||||
|
|
||||||
|
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "mpi.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "label.H"
|
||||||
|
#include "Pstream.H"
|
||||||
|
#include "PstreamReduceOps.H"
|
||||||
|
#include "allReduce.H"
|
||||||
|
|
||||||
|
// Check type of label for use in MPI calls
|
||||||
|
#if defined(WM_INT)
|
||||||
|
# define MPI_LABEL MPI_INT
|
||||||
|
#elif defined(WM_LONG)
|
||||||
|
# define MPI_LABEL MPI_LONG
|
||||||
|
#elif defined(WM_LLONG)
|
||||||
|
# define MPI_LABEL MPI_LONG_LONG
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
// Check type of scalar for use in MPI calls
|
||||||
|
#if defined(WM_SP)
|
||||||
|
# define MPI_SCALAR MPI_FLOAT
|
||||||
|
#elif defined(WM_DP)
|
||||||
|
# define MPI_SCALAR MPI_DOUBLE
|
||||||
|
#elif defined(WM_LDP)
|
||||||
|
# define MPI_SCALAR MPI_LONG_DOUBLE
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
||||||
|
|
||||||
|
// Optimizing template specialisations using MPI_REDUCE
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
bool& Value,
|
||||||
|
const andOp<bool>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Note: C++ bool is a type separate from C and cannot be cast
|
||||||
|
// For safety and compatibility with compilers, convert bool to int
|
||||||
|
// to comply with MPI types. HJ, 23/Sep/2016
|
||||||
|
|
||||||
|
int intBool = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (Value)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
intBool = 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
allReduce(intBool, 1, MPI_INT, MPI_LAND, bop, tag, comm);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (intBool > 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Value = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Value = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
bool& Value,
|
||||||
|
const orOp<bool>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Note: C++ bool is a type separate from C and cannot be cast
|
||||||
|
// For safety and compatibility with compilers, convert bool to int
|
||||||
|
// to comply with MPI types. HJ, 23/Sep/2016
|
||||||
|
|
||||||
|
int intBool = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (Value)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
intBool = 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
allReduce(intBool, 1, MPI_INT, MPI_LOR, bop, tag, comm);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (intBool > 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Value = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Value = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
label& Value,
|
||||||
|
const minOp<label>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
allReduce(Value, 1, MPI_LABEL, MPI_MIN, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
label& Value,
|
||||||
|
const maxOp<label>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
allReduce(Value, 1, MPI_LABEL, MPI_MAX, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
label& Value,
|
||||||
|
const sumOp<label>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
allReduce(Value, 1, MPI_LABEL, MPI_SUM, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
scalar& Value,
|
||||||
|
const minOp<scalar>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
allReduce(Value, 1, MPI_SCALAR, MPI_MIN, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
scalar& Value,
|
||||||
|
const maxOp<scalar>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
allReduce(Value, 1, MPI_SCALAR, MPI_MAX, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
scalar& Value,
|
||||||
|
const sumOp<scalar>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
allReduce(Value, 1, MPI_SCALAR, MPI_SUM, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
UList<label>& Value,
|
||||||
|
const sumOp<UList<label> >& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
allReduce(*Value.begin(), Value.size(), MPI_LABEL, MPI_SUM, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
vector2D& Value,
|
||||||
|
const sumOp<vector2D>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
allReduce(Value, 2, MPI_SCALAR, MPI_SUM, bop, tag, comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::sumReduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
scalar& Value,
|
||||||
|
label& Count,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (Pstream::warnComm != -1 && comm != Pstream::warnComm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "** reducing:" << Value << " with comm:" << comm
|
||||||
|
<< " warnComm:" << Pstream::warnComm
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
error::printStack(Pout);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
vector2D twoScalars(Value, scalar(Count));
|
||||||
|
reduce(twoScalars, sumOp<vector2D>(), tag, comm);
|
||||||
|
|
||||||
|
Value = twoScalars.x();
|
||||||
|
Count = twoScalars.y();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void Foam::reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
scalar& Value,
|
||||||
|
const sumOp<scalar>& bop,
|
||||||
|
const int tag,
|
||||||
|
const label comm,
|
||||||
|
label& requestID
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
#ifdef MPIX_COMM_TYPE_SHARED
|
||||||
|
// Assume mpich2 with non-blocking collectives extensions. Once mpi3
|
||||||
|
// is available this will change.
|
||||||
|
MPI_Request request;
|
||||||
|
scalar v = Value;
|
||||||
|
MPIX_Ireduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
&v,
|
||||||
|
&Value,
|
||||||
|
1,
|
||||||
|
MPI_SCALAR,
|
||||||
|
MPI_SUM,
|
||||||
|
0, // root
|
||||||
|
PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm],
|
||||||
|
&request
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
requestID = PstreamGlobals::outstandingRequests_.size();
|
||||||
|
PstreamGlobals::outstandingRequests_.append(request);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (debug)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Pout<< "Pstream::allocateRequest for non-blocking reduce"
|
||||||
|
<< " : request:" << requestID
|
||||||
|
<< endl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
// Non-blocking not yet implemented in mpi
|
||||||
|
reduce(Value, bop, tag, comm);
|
||||||
|
|
||||||
|
requestID = -1;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// ************************************************************************* //
|
|
@ -159,6 +159,33 @@ void reduce
|
||||||
const label comm = Pstream::worldComm
|
const label comm = Pstream::worldComm
|
||||||
);
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Insist there are specialisations for the common reductions of labels
|
||||||
|
|
||||||
|
void reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
label& Value,
|
||||||
|
const sumOp<label>& bop,
|
||||||
|
const int tag = Pstream::msgType(),
|
||||||
|
const label comm = Pstream::worldComm
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
void reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
label& Value,
|
||||||
|
const minOp<label>& bop,
|
||||||
|
const int tag = Pstream::msgType(),
|
||||||
|
const label comm = Pstream::worldComm
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
void reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
label& Value,
|
||||||
|
const maxOp<label>& bop,
|
||||||
|
const int tag = Pstream::msgType(),
|
||||||
|
const label comm = Pstream::worldComm
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
// Insist there are specialisations for the common reductions of scalars
|
// Insist there are specialisations for the common reductions of scalars
|
||||||
|
|
||||||
void reduce
|
void reduce
|
||||||
|
@ -211,6 +238,34 @@ void reduce
|
||||||
);
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Insist there are specialisations for the common reductions of
|
||||||
|
// lists of labels
|
||||||
|
|
||||||
|
void reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
UList<label>& Value,
|
||||||
|
const sumOp<UList<label> >& bop,
|
||||||
|
const int tag = Pstream::msgType(),
|
||||||
|
const label comm = Pstream::worldComm
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
void reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
UList<label>& Value,
|
||||||
|
const minOp<UList<label> >& bop,
|
||||||
|
const int tag = Pstream::msgType(),
|
||||||
|
const label comm = Pstream::worldComm
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
void reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
UList<label>& Value,
|
||||||
|
const maxOp<UList<label> >& bop,
|
||||||
|
const int tag = Pstream::msgType(),
|
||||||
|
const label comm = Pstream::worldComm
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
} // End namespace Foam
|
||||||
|
|
|
@ -44,155 +44,155 @@ void Foam::allReduce
|
||||||
return;
|
return;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (Pstream::nProcs(comm) <= Pstream::nProcsSimpleSum)
|
// if (Pstream::nProcs(comm) <= Pstream::nProcsSimpleSum)
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
if (Pstream::master(comm))
|
// if (Pstream::master(comm))
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
for
|
// for
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
int slave = Pstream::firstSlave();
|
// int slave = Pstream::firstSlave();
|
||||||
slave <= Pstream::lastSlave(comm);
|
// slave <= Pstream::lastSlave(comm);
|
||||||
slave++
|
// slave++
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
Type value;
|
// Type value;
|
||||||
|
|
||||||
if
|
// if
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
MPI_Recv
|
// MPI_Recv
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
&value,
|
// &value,
|
||||||
MPICount,
|
// MPICount,
|
||||||
MPIType,
|
// MPIType,
|
||||||
slave,
|
// slave,
|
||||||
tag,
|
// tag,
|
||||||
PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm],
|
// PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm],
|
||||||
MPI_STATUS_IGNORE
|
// MPI_STATUS_IGNORE
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
FatalErrorIn
|
// FatalErrorIn
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
"void Foam::allReduce\n"
|
// "void Foam::allReduce\n"
|
||||||
"(\n"
|
// "(\n"
|
||||||
" Type&,\n"
|
// " Type&,\n"
|
||||||
" int,\n"
|
// " int,\n"
|
||||||
" MPI_Datatype,\n"
|
// " MPI_Datatype,\n"
|
||||||
" MPI_Op,\n"
|
// " MPI_Op,\n"
|
||||||
" const BinaryOp&,\n"
|
// " const BinaryOp&,\n"
|
||||||
" const int\n"
|
// " const int\n"
|
||||||
")\n"
|
// ")\n"
|
||||||
) << "MPI_Recv failed"
|
// ) << "MPI_Recv failed"
|
||||||
<< Foam::abort(FatalError);
|
// << Foam::abort(FatalError);
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
|
|
||||||
Value = bop(Value, value);
|
// Value = bop(Value, value);
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
else
|
// else
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
if
|
// if
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
MPI_Send
|
// MPI_Send
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
&Value,
|
// &Value,
|
||||||
MPICount,
|
// MPICount,
|
||||||
MPIType,
|
// MPIType,
|
||||||
Pstream::masterNo(),
|
// Pstream::masterNo(),
|
||||||
tag,
|
// tag,
|
||||||
PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm]
|
// PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm]
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
FatalErrorIn
|
// FatalErrorIn
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
"void Foam::allReduce\n"
|
// "void Foam::allReduce\n"
|
||||||
"(\n"
|
// "(\n"
|
||||||
" Type&,\n"
|
// " Type&,\n"
|
||||||
" int,\n"
|
// " int,\n"
|
||||||
" MPI_Datatype,\n"
|
// " MPI_Datatype,\n"
|
||||||
" MPI_Op,\n"
|
// " MPI_Op,\n"
|
||||||
" const BinaryOp&,\n"
|
// " const BinaryOp&,\n"
|
||||||
" const int\n"
|
// " const int\n"
|
||||||
")\n"
|
// ")\n"
|
||||||
) << "MPI_Send failed"
|
// ) << "MPI_Send failed"
|
||||||
<< Foam::abort(FatalError);
|
// << Foam::abort(FatalError);
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Pstream::master(comm))
|
// if (Pstream::master(comm))
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
for
|
// for
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
int slave = Pstream::firstSlave();
|
// int slave = Pstream::firstSlave();
|
||||||
slave <= Pstream::lastSlave(comm);
|
// slave <= Pstream::lastSlave(comm);
|
||||||
slave++
|
// slave++
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
if
|
// if
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
MPI_Send
|
// MPI_Send
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
&Value,
|
// &Value,
|
||||||
MPICount,
|
// MPICount,
|
||||||
MPIType,
|
// MPIType,
|
||||||
slave,
|
// slave,
|
||||||
tag,
|
// tag,
|
||||||
PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm]
|
// PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm]
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
FatalErrorIn
|
// FatalErrorIn
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
"void Foam::allReduce\n"
|
// "void Foam::allReduce\n"
|
||||||
"(\n"
|
// "(\n"
|
||||||
" Type&,\n"
|
// " Type&,\n"
|
||||||
" int,\n"
|
// " int,\n"
|
||||||
" MPI_Datatype,\n"
|
// " MPI_Datatype,\n"
|
||||||
" MPI_Op,\n"
|
// " MPI_Op,\n"
|
||||||
" const BinaryOp&,\n"
|
// " const BinaryOp&,\n"
|
||||||
" const int\n"
|
// " const int\n"
|
||||||
")\n"
|
// ")\n"
|
||||||
) << "MPI_Send failed"
|
// ) << "MPI_Send failed"
|
||||||
<< Foam::abort(FatalError);
|
// << Foam::abort(FatalError);
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
else
|
// else
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
if
|
// if
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
MPI_Recv
|
// MPI_Recv
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
&Value,
|
// &Value,
|
||||||
MPICount,
|
// MPICount,
|
||||||
MPIType,
|
// MPIType,
|
||||||
Pstream::masterNo(),
|
// Pstream::masterNo(),
|
||||||
tag,
|
// tag,
|
||||||
PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm],
|
// PstreamGlobals::MPICommunicators_[comm],
|
||||||
MPI_STATUS_IGNORE
|
// MPI_STATUS_IGNORE
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
)
|
// )
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
FatalErrorIn
|
// FatalErrorIn
|
||||||
(
|
// (
|
||||||
"void Foam::allReduce\n"
|
// "void Foam::allReduce\n"
|
||||||
"(\n"
|
// "(\n"
|
||||||
" Type&,\n"
|
// " Type&,\n"
|
||||||
" int,\n"
|
// " int,\n"
|
||||||
" MPI_Datatype,\n"
|
// " MPI_Datatype,\n"
|
||||||
" MPI_Op,\n"
|
// " MPI_Op,\n"
|
||||||
" const BinaryOp&,\n"
|
// " const BinaryOp&,\n"
|
||||||
" const int\n"
|
// " const int\n"
|
||||||
")\n"
|
// ")\n"
|
||||||
) << "MPI_Recv failed"
|
// ) << "MPI_Recv failed"
|
||||||
<< Foam::abort(FatalError);
|
// << Foam::abort(FatalError);
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
else
|
// else
|
||||||
{
|
// {
|
||||||
Type sum;
|
Type sum;
|
||||||
|
|
||||||
MPI_Allreduce
|
MPI_Allreduce
|
||||||
|
@ -206,7 +206,7 @@ void Foam::allReduce
|
||||||
);
|
);
|
||||||
|
|
||||||
Value = sum;
|
Value = sum;
|
||||||
}
|
// }
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
@ -97,7 +97,7 @@ void Foam::ggiAMGInterface::initFastReduce() const
|
||||||
// Note: reduce with a comm will only be present on processors containing
|
// Note: reduce with a comm will only be present on processors containing
|
||||||
// master or slave faces. Other processors created a dummy map above
|
// master or slave faces. Other processors created a dummy map above
|
||||||
// HJ, 20/Sep/2016
|
// HJ, 20/Sep/2016
|
||||||
reduce(zoneProcID, maxOp<labelField>(), tag(), comm());
|
reduce(zoneProcID, maxOp<UList<label> >(), tag(), comm());
|
||||||
|
|
||||||
// Find out where my zone data is coming from
|
// Find out where my zone data is coming from
|
||||||
labelList nRecv(Pstream::nProcs(), 0);
|
labelList nRecv(Pstream::nProcs(), 0);
|
||||||
|
@ -340,7 +340,6 @@ Foam::ggiAMGInterface::ggiAMGInterface
|
||||||
// On the fine level, addressing is made in a labelListList
|
// On the fine level, addressing is made in a labelListList
|
||||||
if (fineGgiInterface_.fineLevel())
|
if (fineGgiInterface_.fineLevel())
|
||||||
{
|
{
|
||||||
Info<< "fineGgiInterface start: " << lTime_.elapsedCpuTime() << endl;
|
|
||||||
// This addressing defines how to interpolate for all zone faces
|
// This addressing defines how to interpolate for all zone faces
|
||||||
// across the interface
|
// across the interface
|
||||||
const labelListList& fineAddr = fineGgiInterface_.addressing();
|
const labelListList& fineAddr = fineGgiInterface_.addressing();
|
||||||
|
@ -348,6 +347,10 @@ Foam::ggiAMGInterface::ggiAMGInterface
|
||||||
|
|
||||||
// Perform analysis only for local faces
|
// Perform analysis only for local faces
|
||||||
// HJ, 22/Jun/2016
|
// HJ, 22/Jun/2016
|
||||||
|
|
||||||
|
label curMasterProc, curSlaveProc;
|
||||||
|
long curMaster, curSlave;
|
||||||
|
|
||||||
forAll (fineZa, fineZaI)
|
forAll (fineZa, fineZaI)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
// Get the local face (from zone) to analyse
|
// Get the local face (from zone) to analyse
|
||||||
|
@ -358,10 +361,10 @@ Foam::ggiAMGInterface::ggiAMGInterface
|
||||||
|
|
||||||
forAll (curFineNbrs, nbrI)
|
forAll (curFineNbrs, nbrI)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
long curMaster = -1;
|
curMaster = -1;
|
||||||
label curMasterProc = -1;
|
curMasterProc = -1;
|
||||||
long curSlave = -1;
|
curSlave = -1;
|
||||||
label curSlaveProc = -1;
|
curSlaveProc = -1;
|
||||||
|
|
||||||
// Note. Signalling in global clustering requires
|
// Note. Signalling in global clustering requires
|
||||||
// me to recognise clustering from separate
|
// me to recognise clustering from separate
|
||||||
|
@ -527,24 +530,27 @@ Foam::ggiAMGInterface::ggiAMGInterface
|
||||||
}
|
}
|
||||||
} // end for all current neighbours
|
} // end for all current neighbours
|
||||||
} // end for all fine faces
|
} // end for all fine faces
|
||||||
Info<< "fineGgiInterface end: " << lTime_.elapsedCpuTime() << endl;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
{
|
{
|
||||||
// Coarse level, addressing is stored in faceCells
|
// Coarse level, addressing is stored in faceCells
|
||||||
// This addressing defines which faces from zone are local
|
// This addressing defines which faces from zone are local
|
||||||
Info<< "coarseGgiInterface start: " << lTime_.elapsedCpuTime() << endl;
|
|
||||||
// Perform analysis only for local faces
|
// Perform analysis only for local faces
|
||||||
// HJ, 22/Jun/2016
|
// HJ, 22/Jun/2016
|
||||||
|
|
||||||
|
label curMasterProc, curSlaveProc;
|
||||||
|
long curMaster, curSlave;
|
||||||
|
|
||||||
forAll (fineZa, fineZaI)
|
forAll (fineZa, fineZaI)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
// Get the local face (from zone) to analyse
|
// Get the local face (from zone) to analyse
|
||||||
const label ffI = fineZa[fineZaI];
|
const label ffI = fineZa[fineZaI];
|
||||||
|
|
||||||
long curMaster = -1;
|
curMaster = -1;
|
||||||
label curMasterProc = -1;
|
curMasterProc = -1;
|
||||||
long curSlave = -1;
|
curSlave = -1;
|
||||||
label curSlaveProc = -1;
|
curSlaveProc = -1;
|
||||||
|
|
||||||
// Note. Signalling in global clustering requires
|
// Note. Signalling in global clustering requires
|
||||||
// me to recognise clustering from separate
|
// me to recognise clustering from separate
|
||||||
|
@ -709,7 +715,6 @@ Foam::ggiAMGInterface::ggiAMGInterface
|
||||||
nAgglomPairs++;
|
nAgglomPairs++;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
} // end for all fine faces
|
} // end for all fine faces
|
||||||
Info<< "coarseGgiInterface end: " << lTime_.elapsedCpuTime() << endl;
|
|
||||||
} // end of else in fine level (coarse level)
|
} // end of else in fine level (coarse level)
|
||||||
|
|
||||||
// Since only local faces are analysed, lists can now be resized
|
// Since only local faces are analysed, lists can now be resized
|
||||||
|
@ -731,7 +736,10 @@ Foam::ggiAMGInterface::ggiAMGInterface
|
||||||
// contact with the GGI interface will have zero zone size.
|
// contact with the GGI interface will have zero zone size.
|
||||||
// This needs to be handled separately in the initFastReduce
|
// This needs to be handled separately in the initFastReduce
|
||||||
// HJ, 20/Sep/2016
|
// HJ, 20/Sep/2016
|
||||||
reduce(nCoarseFacesPerProc, sumOp<labelList>(), tag(), comm());
|
|
||||||
|
// Optimised comm: Wait for info from previous processor, add your
|
||||||
|
// number of coarse faces and pass to next processor
|
||||||
|
reduce(nCoarseFacesPerProc, sumOp<UList<label> >(), tag(), comm());
|
||||||
|
|
||||||
// Coarse global face zone is assembled by adding all faces from proc0,
|
// Coarse global face zone is assembled by adding all faces from proc0,
|
||||||
// followed by all faces from proc1 etc.
|
// followed by all faces from proc1 etc.
|
||||||
|
|
|
@ -55,6 +55,9 @@ Description
|
||||||
# undef FOAM_LABEL_MAX
|
# undef FOAM_LABEL_MAX
|
||||||
# define FOAM_LABEL_MAX INT_MAX
|
# define FOAM_LABEL_MAX INT_MAX
|
||||||
|
|
||||||
|
// Define identifier for label type for int
|
||||||
|
# define WM_INT
|
||||||
|
|
||||||
# include "int.H"
|
# include "int.H"
|
||||||
# include "long.H"
|
# include "long.H"
|
||||||
# include "longLong.H"
|
# include "longLong.H"
|
||||||
|
@ -80,6 +83,9 @@ namespace Foam
|
||||||
# undef FOAM_LABEL_MAX
|
# undef FOAM_LABEL_MAX
|
||||||
# define FOAM_LABEL_MAX LONG_MAX
|
# define FOAM_LABEL_MAX LONG_MAX
|
||||||
|
|
||||||
|
// Define identifier for label type for long
|
||||||
|
# define WM_LONG
|
||||||
|
|
||||||
# include "int.H"
|
# include "int.H"
|
||||||
# include "long.H"
|
# include "long.H"
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -105,6 +111,9 @@ namespace Foam
|
||||||
# undef FOAM_LABEL_MAX
|
# undef FOAM_LABEL_MAX
|
||||||
# define FOAM_LABEL_MAX LLONG_MAX
|
# define FOAM_LABEL_MAX LLONG_MAX
|
||||||
|
|
||||||
|
// Define identifier for label type for long long
|
||||||
|
# define WM_LLONG
|
||||||
|
|
||||||
# include "int.H"
|
# include "int.H"
|
||||||
# include "long.H"
|
# include "long.H"
|
||||||
# include "longLong.H"
|
# include "longLong.H"
|
||||||
|
|
Reference in a new issue